继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。

 

　　来自地心世界的某种神秘信号打破平静，是求救还是警告，他们一无所知。哥斯拉、金刚和人类都感受到了这种危险气息，预感有大事发生。哥斯拉获得全新能量后破冰而出，怒吼彰显了它霸气凌人的神态。金刚也咆哮着从高处纵身一跃，愤怒的姿态表明威胁就在身边。这场危机使得哥斯拉、金刚两大王者不得不强强联手共同应敌。由艾琳·安德鲁斯博士、伯尼、吉雅等人组成的帝王组织同样感受到了某种召唤，也整装待发准备好加入这场浩劫之战。神秘动物学家特雷普初次体验冒险，一脸兴奋地驾驶飞行器冲破地表漩涡来到地心世界，殊不知他们将面临的是巨兽们的巅峰对决。